Boğaziçi Üniversitesi tarafından disiplinlerarası bir program olarak açılan Mekatronik Mühendisliği Tezli/Tezsiz Yüksek Lisans Programı, mekatronik sistemlerin esasları, tasarımı, analizi ve işletimi konularında derinlemesine bilgiler içermektedir. Bu programın mezunu çeşitli disiplinleri kapsayan karmaşık bilgi ve kavramların bir karışımı ile donatılacak ve böylece ileri düzey otomasyon cihazları üreten ve kullanan araştırma merkezlerinde ve bilgisayar destekli üretim içeren teknoloji şirketlerinde daha etkin olabilecektir.

Programın hedef öğrenci kitlesi, otomasyon ve kontrol ile ilişkili endüstriyel kuruluşlarda çalışanlarla, konuya ilgi duyarak ilgili kuruluşlarda iş arama niyetinde olan üniversite mezunlarıdır. Programın mezunları mekatroniği oluşturan disiplinlerde genel bir anlayışa sahip olacaklardır. Programın mezunlarının ek ve odaklı eğitimlerden geçtikten sonra ileride, çalıştıkları kurumlarda anahtar konumlara gelmeleri beklenebilir.

Mekatronik Mühendisliği Yüksek Lisans programının temel hedefi, makina, elektrik-elektronik ve bilgisayar mühendisliklerini anlamlı bir program doğuracak şekilde entegre ederek, zeka içeren modern elektromekanik ürünler ile ilişkili tüm teknolojiler konusunda temel bilgilere sahip mezunlar vermektir. Programda mühendislik tasarım ve analizinde kullanılan çeşitli araçların kullanımları vurgulanacak ve gerçekçi mühendislik problemleri kurgulanarak öğrencilerin karşılaşabilecekleri karmaşık tasarım ve gerçekleştirme sorunlarına uygun çözümleri üretmeleri konusunda deneyim kazanmaları sağlanacaktır. Mekatroniğin, mekanik, elektronik ve gömülü bilgisayar denetimini içine alan kapsamlı temelleri, öğrencilere, uygulamalar üzerinde özel bir vurgu ile sergilenecektir. Öğrencileri çeşitli ileri düzey endüstriyel problemlerin zorluklarını göğüslemeye hazırlayacak bu programın çekirdeğini mekatronik sistemlerin tasarım, nitelendirilmesi ve optimizasyonu oluşturacaktır. Program bilim ve mühendislikte kritik gelişmelerle de ilişkilendirilecektir.